1、不可逆污堵。超滤装置在运行过程中，膜的不可逆污堵是最大的问题，也是超滤装置至今难以大规模应用的症结。不可逆污堵的速度，化学清洗后的恢复率，是超滤能否使用的决定因素。由于影响因素太多，缺乏可靠的分析手段和方法，因此，超滤的选择目前还只能通过模拟实验来进行，通过实验，选择超滤膜的种类，运行方式，并对反洗工艺，杀菌工艺和化学清洗工艺进行试验，找到减缓超滤膜通量的下降的方法，并对不可逆污堵的情况进行预测； 2、断丝。大部分超滤设备采用中空纤维膜丝，在运行中发生断丝是常见故障。断丝的原因一般是由于膜丝振动太大引起的。膜丝的振动对于改善反洗效果是不可缺少的。一般来讲，一只元件内装有万根膜丝，少量的断丝不会影响水质，但是，一旦发现产水质量变化，应迅速确定断丝发生的准确位置，以采取相应的措施，查找断丝的方法，在每一根膜组件的产水侧设施取样点，通过分析产水质量，判断膜组件是否完好。对断丝的处理一般是找出破损的膜丝进行封堵。如果断丝或被封堵的膜丝量增加到一定程度（如大于30%）则需要换整只元件； 3、控制系统和烦门损坏。由于需要频繁的反洗，因此，超滤装置的阀门容易损坏。对几个操作频繁很高的关键阀门，需要配置高质量的产品，平时应该备有相同规格的备用阀门，以保证有故障时能够及时更换； 4、膜组件的更换。超滤膜组件的使用寿命与产品质量、运行条件等因素有关。一般来讲，反洗频率、化学清洗频率等对使用寿命有较大的影响。目前认为，其使用寿命可以大于五年。